يمر المشروع بمراحل ثلاث:

• الأولى: مرحلة الرصد، وتتضمن تجميع بيانات ببلوجرافية ومستخلصات عن الأطروحات الجامعية المجازة في إطار الفكر الإسلامي، من مختلف المصادر المطبوعة والمعروضة إلكترونيًا، ثم تصنيفها بواسطة أخصاني التصنيف طبقًا للمحاور التي يتضمنها الإطار الموضوعي، ثم تسكينها بواسطة الأساتذة المتخصصين داخل كل محور، ثم تسجيل منتجات هذه المرحلة إلكترونيًا.
• الثانية: مرحلة الاستكتاب، وهي مرحلة متزامنة مع مرحلة الرصد وليست بالضرورة تالية لها، وبموجبها يتم تشكيل فرق عمل من الأساتذة المتخصصين في كل مجال، حيث يطلب منهم – بعد استعراض الفراغات البحثية على خريطة مجال تخصصهم المعرفي – أن يقوموا باقتراح الموضوعات التي تناسب مستوى أطروحات الماجستير والدكتوراه.
• الثالثة: مرحلة النشر، وهي المرحلة الأخيرة من المشروع، حيث من المخطط نشر الإنتاج على موقع الشبكة الإلكترونية (مواقع المعهد وموقع ببليو إسلام)، تعرض فيه قوائم الأطروحات المقترحة، ويعلن فيه عن المزايا التي يتمتع بها الباحث عند اختياره واحدًا من هذه الموضوعات واعتماده للتسجيل في جامعته. وإلى أن يتم ذلك، ستقوم الوسائل التقليدية بمهمة النشر، من أدلة سنوية مطبوعة، وأقراص ممغنطة ميسرة بأسعار رمزية، حيث يعلن عن هذه المنتجات في الدوريات الجامعية والدوريات الإسلامية الفكرية، فضلاً عن توزيعها على قوائم - تتجدد سنويًا – بالأقسام المعنية في جامعات العالم الإسلامي.